所谓“滞留票”就是由于金税工程稽核系统发票存根联数据与认证系统发票抵扣联之间的比对，不能够完全一一对应，在稽核系统中长期滞留着得不到认证系统抵扣联数据比对的存根联数据，这样就形成了存根联滞留，通俗的说，存根联发票就是指金税工程系统中缺少抵扣联的专用发票。
滞留票产生的主要原因
一是部分纳税人受利益驱动为隐匿进销痕迹，采取购进商品货物和销售商品货物都不入账，因此，取得的进项专用发票不进行认证抵扣，形成了滞留票。
二是有些受票方由于暂时不能如约支付款项，但销售方已开具专用发票并进行了申报，可是始终压着发票不给受票方也会形成滞留票。
三是有些受票方取得增值税专用发票后，根据专业判断，确认为不能抵扣进项情形的，在认证系统中未对该张发票进行认证处理，产生的滞留票。
四是企业中的个人购物或消费的，先不管能不能报销，也以企业的名义要求商家开具增值税专用发票，这也能出现滞留票。
五是企业因会计人员交接，部分发票未及时认证，导致形成滞留票。
形成滞留票税务机关如何处理
在2008年国家税务总局曾经发布过《关于开展部分大型电器零售企业增值税存根联滞留票专项核查的通知》文件中有这样的规定：
税务总局在税收数据分析工作中发现，国美、苏宁、大中等大型电器零售企业存在大量增值税专用发票存根联滞留现象，滞留票份数较多且金额较大。
对电器零售企业进行核查，逐票落实未申请认证抵扣进项税的原因。
由此可见，被关注的滞留票，不仅仅是需要说明情况那么简单，存在隐匿收入的现象也就无处遁形了。
取消抵扣日期对滞留票影响
《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号）规定：
一、增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。纳税人在进行增值税纳税申报时，应当通过本省(自治区、直辖市和计划单列市)增值税发票综合服务平台对上述扣税凭证信息进行用途确认。
根据该规定，虽然取消了认证期限，但企业产生的滞留票在系统中依然存在，并不影响税务机关对滞留票的管理和追查。这是因为，在设定对增值税专用发票进项税额认证抵扣期限时，对于滞留票的监管也不存在具体日期的规定。在近期税务征收管理中，我们也关注到由滞留票引发的税案。
对滞留票管理建议
如何减少滞留票给我们带来的纳税风险，每日说税建议，在大数据下税收管理模式下，企业一定要规范，真实的业务真实来体现，充分利用国家陆续出台的税收优惠来节税，采用收入不缴纳税款和内账外账的做法，已经无路可走；对于取得增值税专用发票，其进项税额无法判断是否可抵扣的，可先认证，根据最后确定的用途划分不可抵扣部分进行转出，减少全部转出后，特别是货物部分又用于可抵扣无法转回情形发生。
在我们常用的增值税发票综合服务平台进行抵扣勾选的时候，还有很多被我们自己忽视的功能。比如部分勾选、逾期发票抵扣勾选、出口转内销发票勾选、延期抵扣勾选等。
对于一些直接判断不可抵扣的进项，往往都采取先抵扣后转出的做法，不仅增加工作量，也会出现被遗忘处理转出情形，如果选择不抵扣勾选功能就可以有效解决这个问题。
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